这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
主人公汐崎春乃是一名住在父母经营的“NIWA旅店”的高中二年级学生，每天骑着本田生产的轻便摩托车去上学。春乃并非对周围的人和生活环境有所不满，但是心中却有一个朦朦胧胧的理想，那就是想去大都市看一看，想做一点什么特别的事情。后来，春乃在旅店里认识了骑着“LITTLECUB”的镝木小夜和骑着“BENLY”的别所杏里等朋友，然后向前迈出了新的一步…
