故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
出云风子在8岁时，因自己的能力“不幸”造成了一场200人死亡的飞机事故，而她的双亲也在事故中丧生，她自此10年闭门不出。2020年8月，在一直追看的长篇少女漫画连载完结后，她决定自杀。此时她遇见拥有“不死”能力的安迪。安迪凭借其强大的再生能力，即使在风子“不幸”能力的影响下仍能生还。阻止风子自杀后，两人出发寻找让安迪死去的方法。
